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Circulating free DNA羟甲基化解决方案

项目介绍
参数
常见问题
应用案例

 

提供cfDNA羟甲基化解决方案

 

cfDNA (circulating-free cell DNA), 又称循环 DNA 或无细胞DNA, 是指存在于血浆或血清的细胞外DNA

ctDNAcirculating tumor DNA)携带了肿瘤基因组5hmC羟甲基化信息,

并且在最近几年5hmC已经作为一种重要癌症筛查标志物的研究,具有重要的临床价值

 

 

完整解决方案,服务每一个项目

艾斯基因专注表观组学10年,提供专业的DNA羟甲基化整体解决方案;

已经完成1000+例样本cfDNA羟甲基化项目经验;

解决从血液采集保存、cfDNA分离提取(>90%得率)

低至15ng输入量的微量羟甲基化捕获文库构建,

全方位助力cfDNA羟甲基化biomarker筛选及转化应用。

 

样本要求

样本类型

样本要求

血浆/血清cfDNA

建议提供1-4ml血浆/血清, 或者>15ng cfDNA

备注用封口膜密封样品; 干冰运输

 

 

cfDNA样本准备注意事项

在体内cfDNA在血浆里核酸酶的作用下,不断降解消失,

同时新的ctDNAcfDNA进入血浆中,维持一定的动态和半衰期;

抽血离体之后ctDNA会继续降解、含量逐步减少,而来自白血细胞的cfDNA持续进去血浆,进而稀释ctDNA浓度,降低检测信号。

因此,在采血、血浆分离及保存运输都会影响数据的质量

抽血及暂存注意事项

EDTA抗凝管

2-8度冰箱暂放;在8小时内低温离心分离血浆

Streck等采血管

2-8度冰箱或者常温暂放;在48小时内离心分离血浆

注意:全血样本在分离出血浆之前,千万不要冷冻保存

血浆分离

采取两轮离心分离血浆,4℃条件下以 1600g 离心10min

4℃条件下以 16000g 离心10min

要求EDTA抗凝管采血管需要低温条件离心;

Streck等采血管建议低温离心,也可以常温离心,不受到影响

保存及运输

分离的血浆存放于-80℃冰箱保存(3年内都可以); 使用干冰运输。

cfDNA提取产量

cfDNA的含量存在较大的波动及异质性;

一般正常人及肿瘤早期, 5-15ng/ml血浆;

肿瘤晚期或者化疗等病人, cfDNA浓度显著提高

 

为了结果的稳定性和一致性,

我们建议使用Streck等采血管替代普通的 EDTA抗凝管,

对于合作项目,艾斯基因免费提供专门的采血管!

 

未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

 

案例分析:基于血浆游离DNA5-羟甲基胞嘧啶检测用于肝癌早期诊断

Genome-wide mapping of 5-hydroxymethylcytosines in circulating cell-free DNA as a non-invasive approach for early detection of hepatocellular carcinoma. Gut. 2019 Jul 29.

研究方案:本文研究者应用5hmc-seal技术,对2554个中国人cfDNA样本进行了全基因组5hmC检测, 包含1204个肝癌及392个慢性乙肝炎病毒感染或肝硬化患者和958个健康人。

研究结果:通过病例对照分析,建立了早期肝癌的诊断模型。基于巴塞罗那临床肝癌分期系统,建立了一个32基因诊断模型,能准确地区分早期肝癌(0/a)和非肝癌,同时很好的区分早期肝癌和有CHBIC病史的高危患者(AUC=84.6%, 95%CI 85.8% to 91.1%) 此外,5hmC诊断模型似乎与潜在的混杂因素, 如吸烟/饮酒史无关。因此,这种方法在早期发现肝癌方面具有临床应用潜力。

 

1、基于血浆cfDNA羟甲基化的肝癌早期诊断模型

 

 

2、肝癌患者cfdna5hmc-seal数据的组织相关性研究

 

 

 

3、肝癌患者cfdna中进一步评估基于5hmC的诊断模型

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